本山では大晦日に大鐘を撞き、日付の変わる午前零時より元旦会国祷法要を行います。信徒様や近隣の方は除夜の鐘を撞くこともできます（要整理券・お賽銭）。お接待の甘酒が無料で振舞われ、法要の後は恒例の福餅が本堂縁側から撒かれます。参詣者は競って福餅を拾い、元旦の朝、お雑煮でその福をいただきます。

毎月１２日には法要が行われます（８月のみ休）。本山婦人会の定例法要も併催されます。

一般に星祭りという厄除け祈願法要のことで、立春の前日に祈願すれば一年中の御守護を頂戴できるという行事です。
豆撒き（追儺式（ついなしき））と共に２月の節分に行われます。本山では法要の後に福引抽選会の催しがあり、多数の景品をご用意しております。福引は、星祭り祈願札（懐中お守り）をお申し込みの方がご参加いただけます。

お釈迦様の御入滅された聖日（涅槃は２月１５日）と、宗祖日蓮大聖人のご生誕法要です。本山ではこのご生誕法要のほかに、京都日蓮聖人門下連合会にて奉修される、日蓮聖人降誕会にも参加協力しており、毎年２月１６日に行われます。これは京都１６本山が輪番で開催する法要で、平成２８年度は当妙蓮寺が当番寺院になり、本山を会所に開催される予定です。

毎月12日の定例法要。

お彼岸の中日にご先祖を供養する行事で、春と秋に年２回催されます。
お中日を挟んだ前後に３日間の合計一週間が彼岸です。仏道に触れ、心の状態を迷いから悟りへと導く修行を心がける期間です。

日蓮聖人３１歳の時、比叡山での１０年間に及ぶ修行と勉学の結論を胸中に秘め比叡山を下られます。
１２５３年４月２８日、宗祖は清澄山の旭ヶ森にて旭日に向かいお題目を唱えられ、立教開宗を宣言されました。この聖日に京都日蓮聖人門下連合会の行事として、宗祖が比叡山で修行された聖地、横川定光院にて法要を営みます。法要が終了し昼食を頂いた後、帰り道に観光地を訪ねて解散します。事前にお申込みいただく日帰りバスツアーとなります。

本門法華宗三大法要のひとつで、釈尊降誕会（ごうたんえ）（４月８日）の花祭りと千部法要を併催したとも伝わり、その起源は、初代別当（貫首）日應僧正が妙蓮寺に晋山されるにあたり、時の後深草天皇・伏見天皇のご信任も厚く、御所の乾の方角を鎮護するように勅命を授かり、国祷会ならびに法界万霊供養の大法要を厳修されたことに由来するものです。

お盆の法要と施餓鬼法要を奉修しています。ご先祖さまを供養し有縁無縁十方法界の万霊に回向いたします。

京都日蓮聖人門下連合会に協力する大本山本能寺において、毎年行われる法華信徒の勉強会です。多彩な講師をお招きして開催しています。事前にお申込みいただく一日勉強会（昼食付）です。

彼岸の中日に奉修されます。（3月春季彼岸法要参照）

宗祖は１２８２年１０月１３日、６１歳で御入滅されました。御会式は宗祖日蓮大聖人への報恩感謝の法要です。本門法華宗三大法要のひとつです。
また、１０月の第一土曜日には京都日蓮聖人門下連合会が合同で行う御会式法要が、輪番の本山を会所に厳修されます。平成２８年度の当番寺院は当妙蓮寺ですので、来年の１０月１日（土）に妙蓮寺で開催される予定です。

御開山日像聖人は、日蓮聖人より帝都（ていと）弘通（ぐずう）（京都布教）のご遺命をうけ、みごとにその大役をはたされ、関西に法華の基盤を築かれた方です。
土佐流罪、紀伊流罪などの法難にあわれましたが、ついには後醍醐天皇より法華宗布教の公許を得るという偉業を成し遂げられました。１３４２年１１月１３日、７４歳をもって御入滅されました。
併催される三師会の三師とは、妙蓮寺再興に大功がある日慶上人と、日慶上人が招請された伏見宮家の親族である日應僧正、そして日應僧正を助けて活躍した日忠上人。公家や武家の尊敬を集め、将軍足利義（よし）尚（ひさ）や義政が妙蓮寺に参詣するようになったのは、日忠上人のその優れた学徳によるものです。